Климат
Климатът е преходно континентален със средиземноморско влияние, а в по-високите части на планините - планински. Местенската долина е с преходно средиземноморски климат, но по-слабо изразен в сравнение с този по река Струма, поради по-голямата надморска височина. В долината на река Места преобладават северозападните ветрове. Рилският масив се издига на границата на умерено-континенталния и преходно средиземноморският климат. Планинският релеф,голямото вертикално разчленение и радиалната ориентация на планинските ридове обуславят етажиране на климатичните условия с изразителни местни колебания. Валежният максимум е през юни, минимума през февруари. С височината бързо нараства броят на дните със снеговалеж. Мекият средиземноморски въздух, проникващ по течението на р.Места, определя климата на Белица като лечебен за хората с белодробни заболявания. На тази основа функционира и средно оздравително училище за деца с такива проблеми.
Почви
Среднопланинските пояси на Рила и Родопите са заети от кафяви горски почви и планинско-горски тъмно-цветни почви. Ниските части по долината на р. Места са заети от алувиални и алувиално-ливадни почви.
Почвено-климатичните условия и силното вертикално разчленение на релефа са довели до развитието на силна и много силна степен на ерозия, особено в обезлесените участъци. Основен проблем на общината е незаконната сеч. За сега ерозионните процеси нямат масов характер, но масовата незаконна сеч може да доведе до тяхното влошаване. За по-силно ерозираните райони са изработени проекти за борба с почвената ерозия. По-голямата част от земеделските земи, намиращи се в планинската територия, са с наклон над 6 градуса, не се обработват и естествено се затревяват, с което от части по естествен начин се ограничават ерозионните процеси.
Водните ресурси
Водните ресурси на общината се формират от рилските реки Места (извираща на територията на съседната община Якоруда), Беличка, Вотърчка, както и извиращите от Западните Родопи реки - Бабешка, Златарица, Палатик и притоците им. Изобилните валежи, продължителното задържане на снежната покривка и сравнително добре развитата горска и тревна растителност, обуславят пълноводието на рилските реки на територията на общината.
На територията на община Белица има два минерални извора: на р. Златарица - термална (29˚С), слабо минерализирана вода (0,199 г/л), подходяща за балнеолечение (общинска собственост), и в гр. Белица - сондажен водоизточник на минерална вода с температура 26 ˚С и ниско съдържание на разтворени минерални вещества, подходяща както за балнеолечение, така и за бутилиране.
В землището на гр.Белица на територията на НП-Рила се намират 4 чисти планински езера - Сухото езеро, Реджепишки езера, Вапешки езера и Карааланишко езеро, които представляват туристически обекти.
Фауна
На територията на община Белица, в непосредствена близост до КК “Семково”се намира Национален парк “Рила” - защитен природен обект, 2-ра категория по класификацията на Световния съюз за защита на природата. Разположен е на територията на 4 административни области и 11 общини. Той е най-големият парк в България.
Участък Белица, в които е разположен КК”Семково” съхранява биоразнообразие с международна значимост. Фаунастичното му богатство е неразделно част от това на НП ”Рила” Теренните и анкетни проучвания доказаха значението на тази територия за съхраняване на разнообразието от едри бозайници. Тук са най-стабилните запаси и находища на дива коза, елен, дива свиня, вълк. Дивата коза фигурира не само в Червената книга на България като застрашен вид, но и в световната листа като световно полузастрашен вид. В този участък се намира и Сухото езеро, което е едно от малкото местообитания на глациалния реликт алпийски тритон. Други глациални реликти в този район са живо родния гущер и усойницата.
По билото на върховете Вапата и Чемерна минава границата на най-големият резерват на Балканският полуостров –“Централен рилски резерват”. Най-голямото находище на дива коза в страната е именно тук, както и видовете от Червената книга като мечка, златка, глухар, лещарка. Това изключително видово разнообразие определя високата консервационна значимост на участък Белица.
Флора
Физикогеографските условия, характерни за общината, обуславят наличието на разнообразна естествена горска растителност. В Рила планина преобладават иглолистните насаждения - бял и черен бор, смърч, бяла и черна мура. В по-ниските части от широколистните дървесни видове преобладава дъбът. Широколистният пояс навлиза по долините на рилските реки навътре в планината. Иглолистната растителност е по-широко разпространена от широколистната. Големи иглолистни масиви покриват височините на Дъбрашкия рид. Буковите гори заемат предимно площи по северните склонове на Западните Родопи. Преобладават насаждения от средно и високобонитетен стопански класове, т.е. насажденията са на възраст над 60 години, и средно възрастни до 60 години.
Защитени обекти
Районът е богат на защитени природни територии. Северната част на общината е разположена в територията на Национален парк "Рила" - защитен природен обект II-ра категория по класификацията на Световния съюз за защита на природата. Разположен е на територията на 4 административни области и 11 общини: Благоевград, Симитли, Разлог, Белица, Якоруда, Белово, Костенец, Долна Баня, Самоков, Сапарева Баня и Дупница. Той е най-големият национален парк в България. Обхваща площ от 107 923,7 ха, като 3731,4 ха са в община Белица. В НП ”Рила” попадат резерватите “Парангалица”, ”Централен рилски резерват”, ”Риломанастирската гора”, ”Ибър” и “Скакавица”. В границите на парка са разпространени около 1400 висши растения, някои от който от първостепенно биологично и научно значение.